Capture de séquences
-
Depuis 2010, l’équipe @BRIDGe-CRB GADIE a développé des méthodes liées au séquençage de nouvelle génération (NGS). En particulier, avec le projet ANR 'CapSeqAn', la plateforme s'est positionnée sur les techniques de reséquençage de régions ciblées. Ces approches sont connues avec le nom de capture de séquences ou targeted resequencing.
Ces dernières années, le coût du reséquençage d'un génome complet de mammifères (taille comprise entre 2,5 et 3,0 Gb) en utilisant la technologie Illumina (séquenceurs HiSeq 1500 ou HiSeq 2500) a considérablement baissé mais le coût reste encore conséquent pour de grandes cohortes d’individus. De plus, pour de nombreuses applications, seules certaines régions spécifiques sont d’intérêt et le reséquençage complet du génome n’est plus requis. La capture de séquences, développée sur la plate-forme, permet donc de répondre à de nombreuses problématiques.
Services proposés
La plate-forme prend en charge, en collaboration avec l’utilisateur et NimbleGen, la conception du design spécifique des sondes de capture du projet puis réalise la fabrication des banques NGS (technologie Illumina) et la capture proprement dite. Les échantillons sont indexés puis multiplexés avant séquençage afin de minimiser les coûts. L’étape de séquençage est externalisée puis les données brutes de NGS produites sont traitées par le service bioinformatique lié à la plate-forme.
Données délivrées
Les résultats sont transmis à l’utilisateur sous forme de fichiers :
- .fastq correspondant aux données brutes,
- .bam correspondant à l'alignement des séquences,
- .vcf contenant les résultats des étapes de SNP et INDEL calling.
Evolution de l’activité
Cette technologie permet d’autres applications (en plus du séquençage de régions d’intérêt des génomes) comme la capture de génomes entiers de petite taille comme ceux de pathogènes impossibles à isoler ou à cultiver in vitro.
La plate-forme a ainsi réalisé des études du génome d’Anaplasma phagocytophilum infectant des ruminants (bovins, équins et chevreuils) dans le cadre d’une collaboration avec l’UMR BIPAR (ENVA-ANSES-UPEC)-USC INRA (Alfort), en s’appuyant sur une méthode mise au point sur des souches de Plasmodium falciparum infectant le sang humain et décrite par Melnikov et al. 2011.
Les résultats des travaux menés sur Anaplasma ont été récemment publiés dans BMC Genomics (Dugat et al. 2014).
Equipements associés
Modalités d'accès
Tarification
N'hésitez pas à contacter la plateforme pour obtenir une expertise sur votre projet et un devis associé.
Liens
-
Hybrid selection for sequencing pathogen genomes from clinical samples. Melnikov et al. Genome Biology 2011,12:R73
-
Comparative genomics of first available bovine Anaplasma phagocytophilum genome obtained with targeted sequence captureAnaplasma phagocytophilum genome obtained with targeted sequence capture. Thibaud Dugat, Valentin Loux, Sylvain Marthey, Marco Moroldo, Anne-Claire Lagrée, Henri-Jean Boulouis, Nadia Haddadand Renaud Maillard. BMC Genomics 2014, 15:973.
- Created by : Marco Moroldo
-
Last modified :
mardi 22 janvier 2019