Services proposés :

• Analyse du transcriptome eucaryote ou procaryote (kit LiQA quantité d’ARN de départ nécessaire 10 à 200ng )
• Un mode opératoire brin spécifique (basé sur le kit Agilent Fairplay3 utilisant l’actinomycine D) permet de limiter le phénomène de production d’artefact de transcrits anti-sens pendant la rétrotranscription (quantité d’ARN de départ : 10 µg).
• Analyse de miARN  à partir de quantités assez faibles d'ARN total (10 à 100 ng).

Principales étapes :

• Aide à la conception du design expérimental : un bioinformaticien est à votre disposition pour répondre à vos questions
• Réalisation des étapes techniques par le personnel spécialisé de la plateforme :
  • Contrôle qualité des échantillons (Bioanalyseur, Nanodrop)
  • synthèse du cRNA à partir d’ARN total avec marquage monocouleur Cy3
  • Hybridation
  • Scan

Nous proposons d’utiliser le flux de travail complet ou de ne réaliser que certaines étapes. Les utilisateurs peuvent venir se former sur le flux complet.

Résultats fournis :

• Fiches de laboratoire et fichiers pdf de Agilent pour les contrôles qualité
• Rapport du pipeline d'analyse de la qualité des données utilisant un package R spécifiquement conçu pour ce type de tâche (ArrayQualityMetrics),

Logiciel d’analyses :

Dans le cadre des projets de microarrays, la plateforme @BRIDGe offre à ses utilisateurs un accès aux logiciels Genespring GX et Ingenuity Pathway Analysis.