Atelier microarrays

Atelier microarrays
  • L’étude du transcriptome est une approche commune pour étudier l’impact de différents facteurs sur les systèmes biologiques. Mesurer l’abondance de milliers de transcrits simultanément permet de révéler des régulations de gènes ou de mettre en évidence des modulations coordonnées d’ensembles de gènes dans une même voie biologique.

    La technologie des microarrays ('puces à ADN') est une approche classique, solide et fiable pour l'étude du transcriptome. Nous utilisons la technologie sureprint développée par la société Agilent, qui est une des plus répandues dans ce domaine. Agilent propose un  catalogue de produits très complet pour la communauté de la génomique animale avec la possibilité de créer son propre design de microarray via son interface web gratuite e-array.

Services proposés :

  • Analyse du transcriptome eucaryote ou procaryote (kit LiQA quantité d’ARN de départ nécessaire 10 à 200ng )
  • Un mode opératoire brin spécifique (basé sur le kit Agilent Fairplay3 utilisant l’actinomycine D) permet de limiter le phénomène de production d’artefact de transcrits anti-sens pendant la rétrotranscription (quantité d’ARN de départ : 10 µg).
  • Analyse de miARN  à partir de quantités assez faibles d'ARN total (10 à 100 ng).

Principales étapes :

  • Aide à la conception du design expérimental : un bioinformaticien est à votre disposition pour répondre à vos questions
  • Réalisation des étapes techniques par le personnel spécialisé de la plateforme :
    • Contrôle qualité des échantillons (Bioanalyseur, Nanodrop)
    • synthèse du cRNA à partir d’ARN total avec marquage monocouleur Cy3
    • Hybridation
    • Scan

Nous proposons d’utiliser le flux de travail complet ou de ne réaliser que certaines étapes. Les utilisateurs peuvent venir se former sur le flux complet.

Résultats fournis :

  • Fiches de laboratoire et fichiers pdf de Agilent pour les contrôles qualité
  • Rapport du pipeline d'analyse de la qualité des données utilisant un package R spécifiquement conçu pour ce type de tâche (ArrayQualityMetrics),

Logiciel d’analyses :

Dans le cadre des projets de microarrays, la plateforme @BRIDGe offre à ses utilisateurs un accès aux logiciels Genespring GX et Ingenuity Pathway Analysis.

 

Modalités d'accès

Les servcies de l'atelier microarrays sont ouvet à tous.

Tarification

La tarification du service dépend des prestations prises en charge par la plateforme dans votre projet.
N'hésitez pas à contacter la plateforme pour obtenir une expertise sur votre projet et un devis associé.

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