Capture de séquences

Capture de séquences
  • La plateforme prend en charge, en collaboration avec l’utilisateur et Agilent, la conception du design spécifique des sondes de capture du projet puis réalise la fabrication des banques NGS (technologie Illumina) et la capture proprement dite.

    Les échantillons sont indexés puis multiplexés avant séquençage afin de minimiser les coûts.

    Le séquençage peut être réalisé sur le séquenceur MiSeq de la plateforme ou externalisé en fonction de la taille de projet.

Les sondes biotinylées, ARN ou ADN de 60 à 120 bases désignées à façon, sont utilisées pour capturer des régions d’intérêt présentes dans les banques NGS fabriquées à partir de l’ADN génomique.

Les fragments d’ADN ciblés, liés aux sondes, sont capturés à l’aide de billes magnétiques couplées avec de la streptavidine, qui a forte affinité pour la biotine présente sur les sondes. Les lavages successifs permettent l’élimination des fragments non ciblés et le complexe sonde-séquence cible sera récupéré grâce à sa fixation au support aimanté. Une amplification par PCR, d’une dizaine de cycles, permet d’augmenter la quantité de séquences et de dégrader les sondes. Le séquençage est ensuite réqlisé sur un séquenceur de la gamme Illumina (MiSeq, NextSeq ou HiSeq) selon le nombre de cibles et/ou d’échantillons.

 schema capture sequence

 

 

Equipements associés

Modalités d'accès

L’atelier est ouvert à l’ensemble de la communauté.
La plateforme assure un contrôle qualité sur les échantillons fournis par l’utilisateur avant de lancer toute expérimentation et se réserve le droit de les refuser s’ils ne sont pas conformes aux pré-requis définis (cf convention de projet)

Tarification

Sur devis - nous consulter en utilisant le formulaire de contact

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