Séquençage
La plateforme @BRIDGE est équipée depuis mars 2016 d’un séquenceur MiSeq Illumina.
L'activité de séquençage est couplée avec la prise en charge des échantillons, incluant l’extraction d’ADN à partir de fèces et le stockage longue durée à -80°C par la Biobanque d’@BRIDGe.
La plateforme assure un contrôle qualité sur les échantillons fournis par l’utilisateur avant de lancer toute expérimentation et se réserve le droit de les refuser s’ils ne sont pas conformes aux pré-requis définis (téléchargeable ici – lien avec § 7.6 de la convention de projet).
La plateforme ne fournit pas actuellement de prestation bioinformatique, veuillez nous préciser si vous souhaitez que nous fassions le lien avec une cellule bioinformatique.
Données délivrées
La plateforme @BRIDGe fournit à l’utilisateur :
- Un rapport de séquençage
- Les données de sortie : fichiers fastq démultiplexés contenant l'ensemble des reads générés par échantillon.
Services proposés :
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Capture de séquences
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La capture de séquences (ou targeted resequencing) est une technique de séquençage (ou reséquençage) de régions ciblées de génomes connus.
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Séquençage de petits génomes entiers (bactéries, archaea, virus)
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Pour le séquençage de génome entier, l'ADN entier est fragmenté (traitement enzymatique et/ou mécanique), suivi d’une ligation aux adaptateurs Illumina. La banque ainsi obtenue contient de nombreux ...
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Séquençage Amplicons
Lire la suite ...Le séquençage Amplicon est une approche ciblée pour l’analyse des variations génétiques de régions génomiques spécifiques. Les régions d’intérêt sont ciblées à l’aide de couples d’amorces ...
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Séquençage 16S et 18S
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Le séquençage 16S permet de séquencer un gène connu au lieu d'un génome complet. Le gène ciblé est l'ARN 16S ribosomal (16s rDNA) qui est spécifique des bactéries, présent chez toutes les espèces et ...